Percorre la regione per circa due anni, sforzandosi di apprenderne la lingua con l'aiuto di alcuni interpreti ai quali chiede di tradurre le verità essenziali della fede e le preghiere fondamentali. L'intensa attività evangelizzatrice svolta con i catechisti, l'instancabile azione caritativa, la povertà personale e la preghiera di Francesco  producono frutti abbondanti, con circa 10mila persone convertite e battezzate in un solo mese. Il peregrinare apostolico in terra indiana lo porta sulla tomba di San Tommaso, a San Tomé, dove decide di  imbarcarsi per Malacca, importante centro commerciale dell'Estremo Oriente e crocevia di razze e di  religioni; vi resta tre mesi, sforzandosi di rimettere ordine nella comunità cristiana non del tutto immune dalla seduzione del gioco e del piacere, senza peraltro trascurare i tanti emarginati di quella ricca città: ebrei, musulmani, poveri, malati, prigionieri.

 Il 1º gennaio 1546 Francesco intraprende un lungo viaggio nell'Arcipelago delle Molucche, toccando diversi luoghi: Amboina, Ternate, l'isola del Moro, con i temibili cacciatori di teste.... Torna finalmente a Malacca, dove nel dicembre 1547 conosce un giapponese di nome Anjiro destinato ad influire sull'orientamento del suo apostolato; proprio attraverso i colloqui con Anjiro Francesco matura il proposito di  annunciare la parola di Cristo nelle lontane isole del Giappone; prima però deve tornare in India, visitare le sue comunità,  pianificare il nuovo viaggio.

 Il 15 aprile 1549 ha inizio la lunga traversata che si concluderà a Kagoshima il 15 agosto: Francesco è finalmente in Giappone e vi resterà 17 mesi. A Kagoshima, sotto la guida di Anjiro, apprende le usanze giapponesi ed è ricevuto dal daimyo locale. Con due compagni si trasferisce quindi a Yamaguchi, dove un primo tentativo di evangelizzazione si risolve in un insuccesso, e successivamente a Miyako, l'odierna Kyoto, nella speranza di ottenere dall'imperatore il permesso di predicare.

L'udienza è rifiutata e Francesco si vede costretto a tornare a Yamaguchi, dove viene ricevuto dal daimyo locale, ottenendo il permesso di annunciare la dottrina cristiana, un compito che nell'arco di alcuni mesi avrebbe dato i primi frutti, con oltre 500 conversioni…